真菌性角膜溃疡的诊断比较困难，一般应从下列三方面着手。
1、病史:有以下情况之一者，应进一步作病原体检查。
a、农村患者，起病前有稻谷等农业外伤史,或角膜炎史，或挑除异物史。
b、较长时间滴用或球结膜下注射多种抗生素而溃疡未能控制者。
2、症状及体征
a、常伴有前方积脓的白色、黄白色或灰白色溃疡，其发展程度与病程对比，相对为慢性者。
b、眼部刺激症状与溃疡大小对比，相对为轻微者。
3、病原：
a、溃疡坏死组织进行刮片检查，可找到真菌菌丝；将刮片接种于真菌培养基上，可有真菌生 长。
b、细胞培养一般阴性，或仅有杂菌生长。一般说来，真菌性溃疡面的坏死组织呈“苔垢”样，质地疏松，缺少粘性；而细菌性溃疡面的坏死组织呈“胶冻”样，富于粘性。
治疗:治疗必须从速。溃疡阶段，真菌高度生长繁殖，应首选对真菌敏感的药物。由于真菌常 潜伏于角膜组织内，十分顽固，要求药物与溃疡面保持连续性的接触，使药物在深部组织达到足够浓度,才能消灭或抑制真菌的活动。到目前为止，用来治疗真菌性角膜溃疡的药物尚不够理想。对于药物治疗无效的病例，尚须进行角膜移植手术。
病因：
多半病例起病时有诱因史。发病大多与农业劳动时受植物性小叶伤有密切关系。植物枝叶擦伤及尘土等异物入眼，亦可见于长期患者其它性质的角膜炎时继发感染真菌者。国外有人认为与眼部滥用抗生素或皮质类固醇有关。角膜外伤造成上皮破损。致伤物如稻谷、植物枝叶或尘土等处常有真菌存在。当角膜上皮破损的同时，真菌即可接种于角膜，引起发病。潜伏期通常为1～4天，平均为2.4天。
临床表现：
a.开始时仅有眼部划物敏感或刺激感，伴有视力模糊。有外伤史者，在受伤后数天内出现溃疡，发展较缓，和外伤后迅速发展的绿脓杆菌性角膜溃疡有所不同。
b.早期眼睑红肿及畏光流泪等刺激症状轻重不等，严重阶段刺激症状大多反见较轻。充血常很严重，主要为混合性，部分病例可有少量灰白色分泌物。
c.由于真菌菌株的不同，感染时间的久暂以及个体情况的差异，临床上所见到的溃疡形态很不一致。典型的早期溃疡呈灰白或乳白色，常为不规则形。表面粗糙，致密，略高出平面。
溃疡和浸润的密度分布不均匀，溃疡与健区角膜分界大多清楚，溃疡边缘常不整齐。
d. 较大的溃疡常为黄白色，多数为不规则圆形，表面似干燥粗略，呈“苔垢”样。基质浸润致密，溃疡边缘稍有隆起。病变如发展，溃疡周围可见结节状或树根样基质浸润。
真菌性角膜炎常用名称描述：
1、菌丝苔被：是附着在溃疡表面的菌丝和坏死组织。色白不透明，微隆起，与健区角膜分界清楚。可刮除，刮除后的溃疡面较透明。
2、菌丝灶：是真菌菌丝长入角膜基质的病灶。表面微隆起干燥粗糙。混浊区的浸润密度浓淡不一致。质地较硬，用刀刮时，刀尖上附着的刮物很疏松。刮过后的溃疡仍混浊不透明。
3、菌丝灶边缘：有些溃疡边缘毛糙不齐。有时伸出树根浸润，称为“伪足”；或在溃疡周围出现孤立的结节状圆形浸润点，称为“卫星灶”。
4、反应环：在菌丝灶的周围有一圈炎性细菌浸润，一般不太宽，约1～2毫米，是机体对菌丝的防卫反应。有人称做“免疫环”。
5、分界沟：位于菌丝灶和反应环中间。此处炎症细胞浸润最多，是浅层组织坏死，轻度低陷而成的浅沟。
真菌性角膜溃疡的裂隙灯检查：
1、溃疡的发展由浅层到深层。早期溃疡为浅表性，角膜厚度几乎无甚改变。溃疡底部为浓密的质浸润，可达角膜全层的0.2、0.4、0.6不等。基质水肿虽轻，但常为全层性。正对菌丝灶后的内皮，常有水肿粗糙及增厚，同时伴有皱褶，有人称做“内皮斑块”。有时整个角膜出现弥漫性雾状水肿，提示溃疡在发展.
2、溃疡的发展过程，常先在周围或底部出现浸润，继而形成脓疡，脓疡坏死而成溃疡，溃疡面坏死组织不断融解脱落，使角膜逐渐变薄，最后导致穿孔。
3、穿孔一般较缓慢，位置、大小及形态不定。穿孔处经常微隆起，每有虹膜显露，中央穿孔时角膜略呈圆锥形。穿孔发生率约10％左右
4、有时坏死组织虽未脱落，角膜即已出现“漏水”现象，以至前房在不知不觉中消失。又有时在坏死的角膜组织中，显露少许虹膜组织，亦是溃疡穿孔的另一种E象。
5、溃疡一旦穿孔，炎症渐见减轻，但较在面积的穿孔，前房多数很难再度形成。溃疡坏死组织不断脱落，可使透明的后弹力层完全暴露，虹膜清晰可见，由于抵挡不住正常的眼内压，进而发展成角膜局部或全部葡萄肿。
6、当溃疡趋向愈合时，眼痛减轻，刺激症状改善，粘性分泌物消失，溃疡色泽由黄白转变为灰白色，溃疡表面清洁，周围上皮向内生长，荧光素着色范围缩小。前房积脓和丁道尔现象以及角膜后沉着物减少。溃疡愈合后，角膜基质仍有浸润及水肿，常需历时数月才能吸收。
7、溃疡愈合过程中可有新生血管伸入。细长单枝者少见，密集粗短的每见于菌丝灶周围，颇似角膜变小，角膜缘内移。
8、严重的虹膜睫状炎反应，是真菌性角膜溃疡特征之一。约50％病例可有前房积脓，自1毫米或2～3毫米，少数病例积脓可达前房一半以上，甚至充满整个前房。积肥脓呈乳白或淡黄色，前者为溃疡早期现象，而后者常代表炎症发展至严重阶段。脓液粘稠，不易移动。
溃疡、脓疡以及前房积脓三者时在形态上融为一体，易于混淆，需裂隙灯切面检查，才能区别。
9、角膜后沉淀物有两种类型，一种是棕灰色的粉末状或细颗粒状，每见于溃疡早期，面积较小的病例，前房大多无脓或少量积脓。另一类是淡黄色浆糊样片状，或者是灰白色斑块状，附着于粗糙的角膜内皮面上，通常伴有前房积脓。前房积脓如果未能吸收，最后在前房角、虹膜、晶体表面形成机化膜。
治疗:
a、本病常伴有严重的虹膜炎反应，必须用阿托品充分扩大瞳孔。皮质激素类药物对溃疡有扩散作用，无论局部与全身皆不宜使用。
b、溃疡穿孔或后弹力层膨出病例，结膜囊置入金褐毒素眼膏或二性霉素B眼膏后，应用绷带加压包扎，以促进溃疡愈合。
c、药物治疗失败的病例，可进行结膜瓣遮盖术或穿透角膜移植术。在角膜穿透性移植时，溃疡及其临近的不健康组织必须全部清除，如果留有感染的角膜，反而可使炎症加速扩展。
真菌性角膜炎是指由于真菌感染以后引起的角膜炎症，这种疾病目前在临床上是一种非常棘手的疾病，因为缺乏有效的抗真菌药物。对于这种疾病的治疗，在早期需要选取抗真菌的药物控制局部炎症，比如氟康唑滴眼液或者那他霉素滴眼液。如果症状比较严重，也需要选取全身使用的抗真菌药物。如果病情到后期逐步加重，形成角膜溃疡，这种情况建议需要及早行角膜覆盖术，比如羊膜覆盖或者自体结膜覆盖。如果形成了角膜溃疡、穿孔，建议需要及早行角膜移植术。
真菌性角膜炎不会传染，此外临床上常见的角膜类疾病也不会发生传染，如病毒性角膜炎、细菌性角膜炎，虽然与细菌、病毒或真菌感染有关，但不会通过传播方式感染其他人。
临床上最常见能够传染其他人的眼表疾病是急性结膜炎，急性结膜炎也就是通常所说的红眼病，一般是由细菌或病毒混合感染所致，而且可以通过接触进行传播，如接触患者分泌物或泪液，用手接触后如果再接触眼睛，容易导致传染。
真菌性角膜炎治疗方法属于综合治疗过程，需要及早发现真菌性角膜炎，在真菌性角膜炎较轻时及时能够控制，治疗通常需要数周到数月时间。如果真菌性角膜炎加重，造成角膜基质出现瘢痕及眼内扩散造成失明，治疗周期可加长甚至到数年。
部分患者真菌性角膜炎以后造成角膜瘢痕需要进行手术清除，此外真菌性角膜炎较容易往眼内扩散，如果治疗不及时会在眼内造成炎症，对眼部损伤加重。如及早发现真菌性角膜炎，可在数周或数月内控制病情。一旦错过时机，疗程可相应延长。
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